分校依托集成电路、物联网等相关学科优势，在锡已相继建成国家专用集成电路系统工程技术研究中心（无锡）、传感网技术教育部研究中心、江苏省产业技术研究院专用集成电路技术研究所、江苏省农业物联网感知及系统控制工程实验室等20余个科研平台，并与无锡地方企业成立10余个产学研联合研究中心，将人才培养贯穿于产业核心技术研发全过程，致力于实现教育链、人才链与产业链、创新链的深度融合。

 无锡校区面向世界科技前沿和国际战略需求，大力加强基础前沿和应用领域科技创新。目前，正建设由电子、信息等多个学科支撑、国内领先（目标为国家级实验室）的重大平台——微纳系统国际创新中心（投资10亿元，含微纳加工与测试公共服务平台和高端芯片与微信息系统创新中心）；积极推进与国际顶尖大学苏黎世联邦理工学院合作，自动化、建筑、土木等多学科交叉融合的数字设计与智能制造国际创新中心建设；同时，深度参与由江苏省、无锡市、中国船舶集团共建的深海技术科学太湖实验室建设，筹备成立由东南大学与中船集团702所共建的海洋信息工程研究中心，重点聚焦水声、水下导航、遥操作等东南大学优势学科领域，合作开展关键核心技术重大突破和创新研发，打造领军人才培养高地，为形成国家海洋信息战略科技力量作出贡献。